O Independente Sport Niterói surgiu em 2002, em Piratininga.
No começo, o time usava como cores oficiais o azul e branco, mas logo depois passou a ser o verde, amarelo e azul.
O time que nasceu para revelar novos jogadores e fez apenas alguns jogos amistosos.
Recentemente foi criado o projeto para profissionalizar os jogadores juniores da equipe.
Atualmente, a equipe busca novos jogadores e patrocinadores para participar de campeonatos oficiais.